Під час серіалу Рей Аянамі помирала принаймні двічі. У цих випадках вона, мабуть, була відроджена за допомогою системи псевдопілота та маси клонованих тіл. У процесі вона втрачає останні спогади, але в епізоді 23 вона, мабуть, може визнати, що третя інкарнація.
Рей – Несправжня людина, частково вона є клоном Юї Ікарі, вона ж мати Сіндзі Ікарі. Цього клону створив Гендо Ікарі – чоловік Юї та за сумісництвом батько Сіндзі. Гендо відчував важке горе через її смерть, проте, мабуть, дивом збереглися її останки дозволили відтворити схожу на нього людину.
Незабаром розкриваються дивовижні факти: Рей на насправді – клон, в якому збереглися залишки душі Юї Ікарі – матері Сіндзі Ікарі, головного героя. До того ж у ДНК присутні частки Ангела Ліліт. Небагато відходячи від сюжету, варто уточнити день народження Аянами.
Особистість душі, поміщеної в Єву–04, ніколи не згадується і не обговорюється, причому, завдяки S²-двигуну, можливо, що їй і зовсім не потрібна була душа. Однак, якби Кенсуке Аїда і справді був пілотом, яким він є в спін-офах, то душею Єви-04 має бути його мати.