Використовується для зняття ларингоспазму при бронхіальній астмі; з метою зменшення тонусу кишечника та шлунка при рентгенологічних дослідженнях. В офтальмології застосовується для розширення зіниці, дослідження очного дна, досягнення функціонального спокою при травмах та запальних захворюваннях ока.
Застосовують атропін при виразковій хворобі шлунка та дванадцятипалої кишки, пилороспазмі, холециститі, жовчнокам'яній хворобі, при спазмах кишечника та сечових шляхів, бронхіальній астмі, для зменшення секреції слинних, шлункових та бронхіальних залоз, при брадикардії, що розвинулася в результаті
Для усунення гострих болів при виразці шлунка та дванадцятипалої кишки та панкреатиті, при ниркових, печінкових кольках препарат вводять підшкірно або внутрішньом'язово по 0,25 -1 мг (0,25-1 мл розчину). Для усунення брадикардії – внутрішньовенно по 0,5 – 1 мг, за необхідності, через 5 хвилин введення можна повторити.
Як симптоматичний засіб при виразковій хворобі шлунка та дванадцятипалої кишки, пілороспазмі, гострому панкреатиті, жовчнокам'яній хворобі, холециститі, спазмах кишечника, сечовивідних шляхів, бронхіальній астмі, брадикардії, як наслідок підвищення тонусу блукаючого нерва.