Можливими ускладненнями під час проведення пункції вузла щитовидної залози є пункція трахеї, сильна кровотеча, пошкодження гортанного нерва, ларингоспазм, флебіт вен та ін..
Підготовка до дослідження полягає у виключенні алкоголю напередодні та в день маніпуляції. Перед ТАБ можна, можливо Вживати їжу. Після пункції щитовидної залози працездатність пацієнта не обмежується і цього ж дня (через 10–15 хвилин) можна, можливо розпочинати свою повсякденну діяльність.
Біопсію призначають не при всіх захворюваннях щитовидної залози. Багато хвороб можна діагностувати і без проведення такого інвазивного дослідження. В першу чергу біопсію призначають для визначення природи вузлових утворень (особливо якщо ці утворення поодинокі) та аутоімунних тиреоїдитів.
Забір біопсійного матеріалу з щитовидної залози проводиться амбулаторно та займає близько 20 хв. Сам прокол і взяття тканини – лічені хвилини, решта часу – підготовка пацієнта та оформлення документації. Спеціальної підготовки перед пункцією не вимагається.